Fondato nel 1153, la sua costruzione iniziò nel 1178 e finì nel 1252, fu il primo edificio gotico del Portogallo.
La biblioteca al suo interno è una delle più grandi biblioteche medievali portoghese, ma venne saccheggiata durante l'invasione francese del 1810.
Durante il medioevo il monastero acquistò sempre più importanza.
Il grande terremoto di Lisbona nel 1755 non fece particolari danni al monastero, ma alcuni edifici minori vennero distrutti, le invasioni delle truppe francesi nel 1800 causarono maggiori danni.
La sua imponenza artistica gli permise di essere inserito dall'UNESCO tra i Patrimoni dell'Umanità nel 1989.