Deve il suo nome all'antica popolazione germanica dei burgundi, che fondarono nel V secolo un reame nella Gallia, oggi la regione francese della Borgogna prende solamente una parte di questo antico regno.
Conquistato dai franchi nel 534 e mantenuto fino all'800, anno in cui fu formalmente annesso all'Impero carolingio e suddiviso in varie contee.
Le varie contee, con lo smembramento dell'impero, finirono sotto il Regno di Lotaringia, per poi essere spartito tra Germania e Francia.
La parte francese rappresentava il Ducato di Borgogna, quella germanica fu divisa in due: Alta Borgogna e Bassa Borgogna.
Nell'888 il conte Rodolfo di Borgogna venne incoronato re di tutta l'Alta Borgogna e nel 933 il figlio ottenne anche la Bassa Borgogna e fondò così il Regno di Arles.
Nel 1477 alla morte dell'ultimo duca capetingio il territorio del Ducato di Borgogna venne annesso alla Francia.