Il museo venne fondato nel 1846 come museo zoologico e chiamato "Gabinetto Zoologico Zootomico".
Nel
1852 fu posizionato nelle sede di Palazzo Biserini in Piazza Hortis,
dove è stato insieme alla Biblioteca Civica Hortis e ai musei letterari
fino al 2010.
Nel 1855 l'arciduca Ferdinando Massimiliano lo rinomina "Civico Museo Ferdinando Massimiliano".
È
cresciuto notevolmente grazie a donazioni e a spedizioni
internazionali; si arricchisce anche di reperti floristici, geologici,
paleontologici e di una biblioteca con opere di molte lingue, mantenendo
l'indirizzo d'origine zoologico.
Nel 2010 viene trasferito nella
nelle caserme dimesse dall'esercito, che ospitano anche il Civico Museo
della Guerra per la Pace Diego de Henriquez.
Ad oggi espone vaste
collezioni di botanica, zoologia, mineralogia e paleontologia, divise in
due grandi sezioni: una aperta al pubblico e l'altra dedicata a
studiosi e specialisti.