La sua storia è legata alla salvaguardia del suo animale simbolo, lo stambecco, che è stato oggetto di caccia indiscriminata per secoli.
Il 21 settembre 1821 il re di Sardegna emanò delle regie patenti che proibivano in ogni parte del regno la caccia degli stambecchi.
Nel 1850 Vittorio Emanuele II, incuriosito dai racconti di caccia, volle provare anche lui questa attività percorrendo le valli valdostane; durante il suo tragitto rimase colpito dell'abbondanza di fauna e decise di costruire una Riserva reale di caccia.
La Riserva Reale del Gran Paradiso nacque ufficialmente nel 1856, il 3 dicembre del 1922 Vittorio Emanuele III firmò un decreto che istituiva il Parco Nazionale del Gran Paradiso.
Questo decreto stabiliva che lo scopo del parco era quello di conservare la fauna e la flora e di preservare le speciali formazioni geologiche e la bellezza del paesaggio.
Il 5 agosto 1947 venne istituito l'Ente Parco Nazionale Gran Paradiso, con un consiglio amministrativo di 13 elementi.
Nel 2000 il parco viene riconosciuto anche come sito di interesse comunitario, 6 anni dopo gli viene conferito il titolo del Diploma europeo delle aree protette.
Nel 2007 fu modificato il perimetro ed i confini e nel 2014 è entrato a far parte della Green List mondiale delle aree protette.