La colonia di molluschi che abitava i fondali del mare, ha creato un grosso accumulo di gusci, che uniti alla sabbia ha formato una mescola che si è sempre più ammassata, formando uno strato di calcare di alcuni chilometri.
La Puglia è emersa dal mare circa 65 milioni di anni fa e con lei anche questo deposito di calcare.
L'ingresso della grotta è una voragine profonda 60 metri conosciuta come la Grave, da quando è stato notato si sono creati falsi miti e credenze popolari.
Fino a quando nel 1938 il Comune di Bari richiede ad uno speleologo di fare un sopralluogo per valutare la possibilità di trasformarle in attrazioni turistiche.
Per mesi sono continuate le esplorazioni, fino a scoprire la "Grotta Bianca" nel 1939.