La chiesa ha origini attorno al 1200, ed era un altarino con l'immagini della Madonna con Gesù Bambino, a cui i pescatori del lago erano molto devoti.
Per proteggere l'immagine sacra dalle intemperie venne creato un sacello con una cappella votiva, con il crescere della struttura architettonica, cresce anche l'interesse per questa immagine miracolosa.
Dal 1412 fino alla fine del secolo vennero edificati il convento, la scuola, l'oratorio e la biblioteca, nel 1521 attorno al piazzale sorse un portico di 52 arcate.
Nel 1642 venne aggiunta una nuova ala di portici ed edificata la sagrestia con un altare.
Nel 1782 il convento fu chiuso e convertito in ospedale, così ebbe inizio il declino della Basilica fino a che nel 1812 venne smantellato gran parte del complesso architettonico.