L'isola di Ponza è popolata fin dal Neolitico, passò dai Fenici, ai Greci, ai Volsci, fino a passare colonia romana nel 312 a.C.
Nel Medioevo l'isola di Ponza rimase un fiorente centro religioso e commerciale grazie ai monaci benedettini, ma a partire dal IX secolo Ponza fu oggetto di feroci razzie da parte dei pirati saraceni.
Dal 1202 l'abbazia di Santa Maria fu riaffidata ai frati cistercensi, da qui ci furono unna serie di battaglie navali, fino al 1454, quando fu occupata dagli Aragonesi, i quali mandarono via i monaci cistercensi dall'isola che fondarono a Formia la chiesa di Santa Maria di Ponza.
Nel 1542 l'isola venne data in feudo a Pier Luigi Farnese con il compito di difenderla dagli attacchi pirateschi, ma dal 1534 al 1655 ci furono 3 feroci incursioni che distrussero Ponza.
Nel 1768 fu avviata una fase di miglioramento delle condizioni economiche degli abitanti dell'isola.
Nel 1813 Ponza fu occupata dagli inglesi ma due anni dopo venne restituita ai Borboni, dopo il 1861 quest'isola fu annessa al Regno d'Italia.
Ponza nel 1928 fu destinata a luogo di confino per gli oppositori politici dal regime fascista e nel 1935 venne avviato lo sfruttamento del giacimento di bentonite per i quarant'anni successivi.