Sorge sulla collina che si eleva al centro della penisola di Orta San Giulio e ciò che lo differenzia dagli altri monti sacri è il fatto che è dedicato ad un solo santo: San Francesco d'Assisi.
La comunità di Orta nel 1583 decise di erigere un insieme di cappelli ed un convento sulla Selva di San Nicolao, per accogliere i frati francescani cappuccini.
Il progetto venne schematizzato da un architetto e frate cappuccino che ideò il rifacimento della chiesa, il convento e la maggioranza delle cappello.
Nel 1590 si iniziarono i lavori e nel 1591 si iniziò invece la costruzione della prima cappella.
Ad oggi annessi alla chiesa troviamo due conventi: quello "grande" prima destinato ai frati cappuccini è divenuto proprietà private, quello "piccolo" invece è abitato da una comunità di frati francescani minori che gestiscono il Santuario e accolgono i pellegrini.