Dopo la caduta dell'Impero Romano d'Occidente, a Muggia dominarono Teodorico, i Longobardi, i Bizantini e i Franchi.
Nel 931 fu donata al Patriarcato di Aquileia e nel 1354, dopo l'attacco dei genovesi, decise di passare con la Repubblica Veneziano nel 1420.
L'odierna Muggia Vecchia, a fine XV secolo per molta importanza, poichè gli abitanti si trasferirono a Borgolauro, sulla riva del mare.
Quando finì la Repubblica di Venezia, 1797, ci fu poi dal 1805 al 1814 il Regno italico napoleonico, venne il dominio asburgico che sviluppò una fiorente industria cantieristica navale.
Nel 1889 abbiamo le ultime testimonianze di persone che parlavano il Muglisano, parlata simile al friulano.
Dopo la prima guerra mondiale Muggia passò al Regno d'Italia e nel 1923 il comune cedette la frazione di Albaro Vescovà e parte della frazione di Valle Oltra al comune di Capodistria.
Nel 1943 il territorio subì l'occupazione militare tedesca, ma grazie ai cittadini con un forte sentimento antinazista, Muggia rimase italiana.
Tra il 1943 e il 1945 ci furono vicende che portarono Muggia a ricevere la Medaglia d'Argento al Valor Militare per la Guerra di Liberazione.
Il comune subì le prime amputazioni territoriali dopo il trattato di pace del 1947.
Ad oggi l'atmosfera di stampo veneziano lascia trapelare un intenso passato condiviso con la Serenissima.